Het was 1914 toen de achttienjarige Eduard vanuit zijn geboorteplaats Wissenkerke (Noord-Beveland) naar Rotterdam vertrok om pianolessen te volgen bij de vermaarde musicus Anton Verhey. Eduard kwam uit een muzikaal gezin en bleek al op jonge leeftijd een begaafd organist. Als scholier verving hij zijn vader soms op het kerkorgel. In 1916 behaalde hij cum laude zijn Pianodiploma der Koninklijke Nederlandsche Toonkunstenaarsvereeniging en ging hij als pianodocent en koordirigent aan de slag. In 1926 werd Eduard dirigent van de afdeling Harmonie van het Rotterdamsch Philharmonisch Genootschap. Een jaar later kreeg hij een aanstelling als tweede dirigent van het Rotterdamsch Philharmonisch Orkest en weer twee jaar later werd hij eerste dirigent. Hij had in zijn nieuwe functie nog maar drie concerten gegeven, toen de Groote Doelezaal werd afgekeurd wegens instortingsgevaar. Er werd een nieuwe zaal gebouwd, maar die ging met het bombardement van 1940 verloren. Al tijdens de oorlog werden er plannen ontwikkeld voor een nieuwe Doelen, maar een definitief besluit kwam pas in 1960. Op 9 juli 1962 sloeg Eduard Flipse de eerste paal van het huidige gebouw. Op 18 mei 1966 (Opbouwdag) leidden hij en zijn opvolger Franz Paul Decker het Rotterdams Philharmonisch tijdens het openingsconcert. Zijn laatste Rotterdamse concert vond plaats op 11 februari 1969, ter viering van de vijftigste verjaardag van het orkest. In 1973 is Eduard Flipse overleden

In de veertig jaren die Eduard Flipse in Rotterdam heeft gedirigeerd heeft hij het Rotterdams Philharmonisch tot grote hoogten gebracht én heeft hij letterlijk de basis gelegd voor de huidige Doelen. Zijn naam leeft verder in de Eduard Flipse Zaal.